Οι Μικροβιολογικές αναλύσεις που διενεργεί το Εργαστήριο του Κέντρου Περιβάλλοντος είναι οι εξής:

Α/Α	Παράμετρος	Μέθοδος Ανάλυσης	Α/Α	Παράμετρος	Μέθοδος Ανάλυσης
1	Ολικό μικροβιακό φορτίο  22 oC, 36 oC	ISO 6222:1999	5	Εντερόκοκκοι	ISO 7899-2:2000
2	Ολικά κολοβακτηριοειδή	ISO 9308-1:2014	6	Clostidium perfigens (συμπεριλαμβανομένων των σπόρων)	EN ISO 14189
3	Κολοβακτηριοειδή κοπράνων	APHA 9222 D 23rd Ed.2017	7	Pseudomonas Aeruginosa	ISO 16266:2006
4	Escherichia coli	ISO 9308-1:2014

Όταν η δειγματοληψία πραγματοποιείται από το εργαστήριο του Κέντρου Περιβάλλοντος οι παραπάνω μικροβιολογικές αναλύσεις διενεργούνται από συνεργαζόμενο διαπιστευμένο εργαστήριο.